Το 846, ο Carl Zeiss άνοιξε ένα μικρό εργαστήριο για την κατασκευή οπτικών οργάνων ακριβείας στην οδό Neugasse 7 στην Ιένα.
Το 1866 πουλήθηκε το 1000ο μικροσκόπιο. Ο κ. ErnstAbbe εντάσσεται στην εταιρεία του κ. Zeiss και έχει καθιερώσει την τεχνολογία μικροσκοπίας της Zeiss σε επιστημονική βάση.
1884-1891: Ιδρύεται η "Schott & Gemossen Glass Works" στην Ιένα, ο Carl Zeiss πέθανε το 1888, ιδρύεται το Ίδρυμα Carl Zeiss.
Το 1900, με τη βοήθεια του κ. August Köhler, το μικρό εργαστήριο του κ. Zeiss άρχισε να επεκτείνεται παγκοσμίως και, ομοίως, έθεσε μια σταθερή βάση για τη μικροσκοπία φθορισμού.
Το 1936, σε συνεργασία με τον κ. Frits Zernike, παρουσιάστηκε το πρώτο μικροσκόπιο αντίθεσης φάσης για την ανάλυση ζωντανών κυττάρων. Ο κ. Frits Zernike τιμήθηκε με το Νόμπελ Φυσικής το 1953.
1949, Economic Miracle and the Electronic Age: Commercialization of Transmission Electron Microscopy σε συνεργασία με την AEG Corporation.
Το 1989, ο βαθμός ψηφιοποίησης γινόταν όλο και υψηλότερος και το μικροσκόπιο έγινε σταθμός εργασίας επεξεργασίας εικόνας. Η ταχέως αναπτυσσόμενη τεχνολογία λογισμικού και η ψηφιακή φωτογραφική μηχανή επέκτεινε το πεδίο εφαρμογής του μικροσκοπίου.
Το 2000, η τεχνολογία ελέγχου λειτουργίας βοήθησε την τεχνολογία απεικόνισης και το μικροσκόπιο έγινε ένα αυτοματοποιημένο σύστημα απεικόνισης εικόνας.
