Υπάρχουν δύο τύποι μικροσκοπίων φθορισμού όσον αφορά την οπτική τους διαδρομή
1. Μικροσκόπιο φθορισμού μετάδοσης: Η πηγή φωτός διέγερσης διέρχεται μέσω του υλικού του δείγματος μέσω ενός συμπυκνωτικού φακού για να διεγείρει τον φθορισμό. Συνήθως χρησιμοποιείται ένας συλλέκτης σκοτεινού πεδίου και ένας συνηθισμένος συλλέκτης μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί για τη ρύθμιση του καθρέφτη έτσι ώστε το φως διέγερσης να ανακατευθύνεται και να παρακαμφθεί στο δείγμα. Αυτό είναι ένα παλαιότερο μικροσκόπιο φθορισμού. Το πλεονέκτημα είναι ότι ο φθορισμός είναι ισχυρός σε χαμηλή μεγέθυνση, αλλά το μειονέκτημα είναι ότι ο φθορισμός μειώνεται με την αύξηση της μεγέθυνσης. Επομένως, είναι καλύτερο να παρατηρήσετε μεγαλύτερα δείγματα υλικών.
2. Το μικροσκόπιο Epi-fluorescence είναι ένας νέος τύπος μικροσκοπίου φθορισμού που αναπτύχθηκε στη σύγχρονη εποχή. Η διαφορά είναι ότι το φως διέγερσης πέφτει από τον αντικειμενικό φακό προς τα κάτω στην επιφάνεια του δείγματος, δηλαδή, ο ίδιος αντικειμενικός φακός χρησιμοποιείται με τον συμπυκνωτή φωτισμού και τον αντικειμενικό φακό για τη συλλογή του φθορισμού. Πρέπει να προστεθεί ένας διχρωμικός διαχωριστής δέσμης στη φωτεινή διαδρομή, η οποία απέχει 45 μοίρες από το ελαφρύ ουράνιο. Το φως διέγερσης ανακλάται στον αντικειμενικό φακό και συλλέγεται στο δείγμα. Ο φθορισμός που δημιουργείται από το δείγμα και το φως διέγερσης που ανακλάται από την επιφάνεια του φακού του αντικειμενικού φακού και την επιφάνεια του γυαλιού καλύμματος εισέρχονται στον αντικειμενικό φακό ταυτόχρονα και επιστρέφουν στον διαχωριστή δέσμης δύο χρωμάτων για να διαχωρίσει το φως διέγερσης από τον φθορισμό , το υπολειπόμενο φως διέγερσης απορροφάται από τα φίλτρα μπλοκαρίσματος. Όπως η αλλαγή σε συνδυασμό διαφορετικού φίλτρου διέγερσης/διχρωματικού διαχωριστή δέσμης/φίλτρου αποκλεισμού, μπορεί να καλύψει τις ανάγκες διαφορετικών προϊόντων αντίδρασης φθορισμού. Το πλεονέκτημα αυτού του είδους μικροσκοπίου φθορισμού είναι ότι ο φωτισμός του οπτικού πεδίου είναι ομοιόμορφος, η απεικόνιση είναι καθαρή και όσο μεγαλύτερη είναι η μεγέθυνση, τόσο ισχυρότερος είναι ο φθορισμός.
