Υπάρχουν δύο τύποι μικροσκοπίων φθορισμού όσον αφορά τις οπτικές τους διαδρομές:
1. Μικροσκόπιο φθορισμού μετάδοσης: Η πηγή φωτός διέγερσης χρησιμοποιείται για τη διέγερση του φθορισμού περνώντας μέσα από το υλικό του δείγματος μέσω ενός φακού συμπυκνωτή. Μπορούν επίσης να χρησιμοποιηθούν κοινώς χρησιμοποιούμενοι συγκεντρωτές σκοτεινού πεδίου και μπορούν να χρησιμοποιηθούν συνηθισμένοι συγκεντρωτές για να ρυθμίσουν τον ανακλαστήρα ώστε να ανακατευθύνει και να πλευρίσει το φως διέγερσης στο δείγμα. Αυτό είναι ένα σχετικά παλιό-μοδάτο μικροσκόπιο φθορισμού. Το πλεονέκτημά του είναι ο ισχυρός φθορισμός σε χαμηλή μεγέθυνση, αλλά το μειονέκτημά του είναι ότι ο φθορισμός του μειώνεται με την αύξηση της μεγέθυνσης. Επομένως, είναι καλύτερο για την παρατήρηση μεγαλύτερων υλικών δειγμάτων.
2. Το μικροσκόπιο φθορισμού φωτός πτώσης είναι ένας νέος τύπος μικροσκοπίου φθορισμού που αναπτύχθηκε στη σύγχρονη εποχή. Σε αντίθεση με τα παραπάνω, το φως διέγερσης πέφτει από τον αντικειμενικό φακό προς τα κάτω στην επιφάνεια του δείγματος, χρησιμοποιώντας τον ίδιο αντικειμενικό φακό με τον συμπυκνωτή φωτισμού και τον αντικειμενικό φακό για τη συλλογή του φθορισμού. Πρέπει να προστεθεί ένας διαχωριστής δέσμης διπλού χρώματος στην οπτική διαδρομή, η οποία απέχει 45 μοίρες από το ελαφρύ ουράνιο. Γωνία, το φως διέγερσης αντανακλάται στον αντικειμενικό φακό και εστιάζεται στο δείγμα. Ο φθορισμός που δημιουργείται από το δείγμα, καθώς και το φως διέγερσης που ανακλάται από την επιφάνεια του αντικειμενικού φακού και του γυαλιού καλύμματος, εισέρχονται στον αντικειμενικό φακό και επιστρέφουν στον διαχωριστή διπλής δέσμης χρώματος, διαχωρίζοντας το φως διέγερσης και τον φθορισμό. Το υπολειπόμενο φως διέγερσης στη συνέχεια απορροφάται από το φίλτρο μπλοκαρίσματος. Εάν χρησιμοποιούνται διαφορετικοί συνδυασμοί φίλτρων διέγερσης/διαχωριστών δέσμης διπλού χρώματος/φίλτρων αποκλεισμού, μπορούν να καλύψουν τις ανάγκες διαφορετικών προϊόντων αντίδρασης φθορισμού. Τα πλεονεκτήματα αυτού του μικροσκοπίου φθορισμού είναι ο ομοιόμορφος φωτισμός πεδίου, η καθαρή απεικόνιση και ο ισχυρότερος φθορισμός με μεγαλύτερη μεγέθυνση.
